Одновременное применение с кларитромицином (ингибитор CYP3A4) может ослаблять метаболизм трабектедина (метаболизируется в основном CYP3A4) и повышать концентрацию трабектедина в крови. При необходимости совместного применения следует тщательно контролировать развитие токсичности.
На фоне кларитромицина (ингибирует CYP450) увеличивается концентрация в крови, возможно удлинение интервала QT и пароксизм трепетания-мерцания желудочков; одновременное применение не рекомендуется.